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1. Noeclone识别序列的格式?
Noeclone可以阅读以下的序列格式:GenBank,EMBL,Fasta,GCG (Wisconsin)和纯文本。
2. 如果我的序列是纯文本的,怎么样打开序列文件呢?
如果您已经拥有一个序列文件夹,您可以通过File | Open Sequence to Project | From File(文件|打开序列到工程|来自文件)打开,然后从对话框中选择您需要打开的序列。
3. 如果我的序列在剪贴板上,怎么把序列数据载入到Noeclone呢?
如果您的序列在剪贴板上,您可以利用File | Open Sequence to Project | From Clipboard(文件|打开序列到工程|从剪贴板)将序列转换为图谱。该功能不需要磁盘文件,如果您从其他文本资源中拷贝序列会比磁盘文件更方便。剪贴板上保存的序列也可以作为片段插入已有图谱中,通过Clone | Insert Fragment(克隆|插入片断)插入
4. 如果我想对序列进行编辑,怎么操作呢?
您可以通过在序列上点击鼠标右键,在下拉菜单中插入和删除所选择的序列。然而,由于序列与图谱连锁,您所做的修改将会重新再图谱中更新。
5. 怎样不用切割序列片段而查找限制性内切酶呢?
您可以通过图谱|概览酶切位点|缺失的酶切位点,产生一个当前图谱缺失的酶切位点,在限制性内切酶的概览里选择就不会在当前图谱中切割序列片段。
6. 怎样将DNA序列翻译成蛋白质序列?
在NoeClone中您可以使用Molecule(分子)菜单下Translate(翻译)命令把核苷酸序列翻译为蛋白质。通常,您用+1阅读框意味着翻译起始于第一个核苷酸。终止密码子在结果中以星号插入蛋白质序列的相应位点。
7. 怎么在选择的序列上寻找开放阅读框(ORF)?
NoeClone允许您搜索开放阅读框(ORFs)并展示结果图谱。选择Analyze | Find ORFs(分析|查找开放阅读框)开始搜索,在开放阅读框对话框中定义搜索条件。输入起始密码子(默认的是ATG),阅读框搜索,识别最小长度的开放阅读框,然后点击查找。
8. 怎么将三个片段连结在同一个图谱中?
NoeClone通过选择Clone | Ligate three fragments(克隆|连接三个片段)允许连接三个片段。连接三个片段对话框的主要4部分包括设置建立4个阶段的连接:准备第一条片段(载体分子),准备第二个分子,准备第三条片断和连接产物的结果。点击OK(确认)就可以连接选择的片段。
9. 怎么铺制一张新的凝胶?
选择工具条中 或者通过Gel | Create New Gel(凝胶|铺制新凝胶)。将打开定义新凝胶的对话框,您可以在对话框中设置凝胶的一些参数。在图谱窗口中点击您想放置凝胶的位置,凝胶就在相应的位置创建好了。
10. 如果我想点样,怎么操作呢?
点样,您需要选择图谱,特征或者序列来代表一个DNA分子作为上样品,当点样时,选择一个孔进行点样。您可以设定一些参数,比如泳道数,泳道名称,点样分子,点标记,替换先前的样品,消化分子等,然后点击OK(确认),消化后的分子就能在凝胶上显示才出来。
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